1.董事會
1-1.校長
1-1-1.校長室
1-1-1-1.管理一組
1-1-1-2.管理二組
1-1-2.校務會議
1-1-3.行政會議
1-1-4.教務處
1-1-4-1.註冊組
1-1-4-2.課務組
1-1-4-3.招生組
1-1-4-4.研究生教務組
1-1-4-5.推廣教育組
1-1-4-6.教學品保組
1-1-4-7.教學資源中心
1-1-4-8.語文中心
1-1-5.學務處
1-1-5-1.生活輔導組
1-1-5-2.課外活動組
1-1-5-3.學生住宿組
1-1-5-4.就業服務與僑外生輔導組
1-1-5-5.衛生保健組
1-1-5-6.諮商輔導組
1-1-5-7.軍訓教學組
1-1-6.總務處
1-1-6-1.事務組
1-1-6-2.福利暨環管組
1-1-6-3.營繕組
1-1-6-4.保管組
1-1-6-5.警衛組
1-1-7.研發處
1-1-7-1.研發行政組
1-1-7-2.貴儀中心
1-1-7-3.顯微鏡中心
1-1-7-4.一般實驗動物中心
1-1-7-5.SPF實驗動物中心
1-1-7-6.醫療擴增實境研究中心
1-1-8.技合處
1-1-8-1.創新育成中心
1-1-8-2.技術移轉中心
1-1-8-3.建教合作中心
1-1-8-4.技術產創中心
1-1-9.國際事務處
1-1-9-1.國際合作組
1-1-9-2.國際教育組
1-1-10.圖書館
1-1-10-1.採編組
1-1-10-2.典閱組
1-1-10-3.資訊系統組
1-1-10-4.參考服務組
1-1-11.資訊中心
1-1-11-1.教學服務組
1-1-11-2.軟體系統組
1-1-11-3.網路服務組
1-1-12.秘書室
1-1-13.人事室
1-1-14.會計室
1-1-15.環保暨安全衛生室
1-1-16.體育室
1-1-17.企業文物館
1-1-18.長庚生物標識中心
1-1-19.分子醫學研究中心
1-1-20.健康老化研究中心
1-1-21.健康資料研究服務中心
1-1-22.放射醫學研究院
1-1-23.可靠度科學技術研究中心
1-1-24.校務研究中心
1-1-25.人工智慧研究中心
1-1-26.新興病毒感染研究中心
1-1-27.醫學院
1-1-27-1.醫學系
1-1-27-1-1.臨床學科
1-1-27-1-1-1.內科
1-1-27-1-1-2.外科
1-1-27-1-1-3.眼科
1-1-27-1-1-4.牙科
1-1-27-1-1-5.醫預科
1-1-27-1-1-6.神經科
1-1-27-1-1-7.精神科
1-1-27-1-1-8.耳鼻喉科
1-1-27-1-1-9.實驗診斷科
1-1-27-1-1-10.病態生理科
1-1-27-1-1-11.臨床診斷科
1-1-27-1-1-12.麻醉科
1-1-27-1-1-13.放射治療科
1-1-27-1-1-14.影像診斷科
1-1-27-1-1-15.核子醫學科
1-1-27-1-1-16.皮膚科
1-1-27-1-1-17.泌尿科
1-1-27-1-1-18.小兒科
1-1-27-1-1-19.婦產科
1-1-27-1-1-20.病理學科暨病理研究所
1-1-27-1-1-21.復健醫學科
1-1-27-1-1-22.急診醫學科
1-1-27-1-1-23.醫學遺傳學科
1-1-27-2.護理學系(含學碩博士班、碩士在職專班、學士後)
1-1-27-3.醫學生物技術暨檢驗學系(含學碩士班)
1-1-27-4.醫學影像暨放射科學系(含學碩博士班)
1-1-27-5.物理治療學系(含學士班、復健科學碩、博士班)
1-1-27-6.職能治療學系(含學士班、行為科學碩士班)
1-1-27-7.中醫學系(含學士班、天然藥物、傳統中醫學碩士班)
1-1-27-7-1.臨床學科
1-1-27-7-1-1.內科
1-1-27-7-1-2.外科
1-1-27-7-1-3.眼科
1-1-27-7-1-4.牙科
1-1-27-7-1-5.醫預科
1-1-27-7-1-6.神經科
1-1-27-7-1-7.精神科
1-1-27-7-1-8.耳鼻喉科
1-1-27-7-1-9.實驗診斷科
1-1-27-7-1-10.病態生理科
1-1-27-7-1-11.臨床診斷科
1-1-27-7-1-12.麻醉科
1-1-27-7-1-13.放射治療科
1-1-27-7-1-14.影像診斷科
1-1-27-7-1-15.核子醫學科
1-1-27-7-1-16.皮膚科
1-1-27-7-1-17.泌尿科
1-1-27-7-1-18.小兒科
1-1-27-7-1-19.婦產科
1-1-27-7-1-20.病理學科暨病理研究所
1-1-27-7-1-21.復健醫學科
1-1-27-7-1-22.急診醫學科
1-1-27-7-1-23.醫學遺傳學科
1-1-27-7-2.基礎學科
1-1-27-7-2-1.解剖學科
1-1-27-7-2-2.生化學科
1-1-27-7-2-3.生理學科
1-1-27-7-2-4.藥理學科
1-1-27-7-2-5.寄生蟲學科
1-1-27-7-2-6.公衛學科
1-1-27-7-2-7.微生物及免疫學科
1-1-27-7-2-8.細胞分子生物學科
1-1-27-7-2-9.人文及社會醫學科
1-1-27-7-3.中醫基礎學科
1-1-27-7-3-1.方劑學科
1-1-27-7-3-2.中藥藥物學科
1-1-27-7-3-3.中醫生理學科
1-1-27-7-3-4.中醫病理學科
1-1-27-7-3-5.醫經醫史學科
1-1-27-7-3-6.中醫資訊學科
1-1-27-7-3-7.中西整合研究中心
1-1-27-7-4.中醫臨床學科
1-1-27-7-4-1.中醫內科學科
1-1-27-7-4-2.中醫外科學科
1-1-27-7-4-3.中醫婦科學科
1-1-27-7-4-4.中醫兒科學科
1-1-27-7-4-5.中醫傷科學科
1-1-27-7-4-6.針灸學科
1-1-27-7-4-7.中醫皮膚學科
1-1-27-7-4-8.中醫診斷學科
1-1-27-7-4-9.中醫急診學科
1-1-27-7-4-10.中醫泌尿學科
1-1-27-7-4-11.中醫五官科
1-1-27-8.呼吸治療學系
1-1-27-9.臨床醫學研究所(含碩博士班)
1-1-27-10.生物醫學研究所(含碩博士班，碩士班分3組)
1-1-27-11.基礎學科
1-1-27-11-1.解剖學科
1-1-27-11-2.生化學科
1-1-27-11-3.生理學科
1-1-27-11-4.藥理學科
1-1-27-11-5.寄生蟲學科
1-1-27-11-6.公衛學科
1-1-27-11-7.微生物及免疫學科
1-1-27-11-8.細胞分子生物學科
1-1-27-11-9.人文及社會醫學科
1-1-27-12.顱顏口腔醫學研究所(碩士班)
1-1-27-13.生物醫學系(含學士班、臨床試驗與評估碩士班)
1-1-27-14.早期療育研究所(碩士班)
1-1-27-15.病原性細菌研究中心
1-1-27-16.臨床資訊與醫學統計研究中心
1-1-27-17.分子與臨床免疫中心
1-1-27-18.新興病毒分子醫學國際碩士學位學程
1-1-27-19.顯微手術國際碩士學位學程
1-1-27-20.健康暨長期照護產業碩士學位學程
1-1-27-21.生物科技產業碩士學位學程
1-1-27-22.生物科技產業博士學位學程
1-1-27-23.醫學科學學士學位學程
1-1-27-24.微生物相研究中心
1-1-28.工學院
1-1-28-1.電機工程學系(含學碩博士班及碩士在職專班)
1-1-28-2.機械工程學系(含學碩博士班)
1-1-28-3.化工與材料工程學系(含學碩博士班及碩士在職專班
1-1-28-4.電子工程學系(含學碩博士班)
1-1-28-5.資訊工程學系(含學碩博士班)
1-1-28-6.光電工程研究所(碩士班)
1-1-28-7.生醫工程研究中心
1-1-28-8.綠色科技研究中心
1-1-28-9.生物醫學工程博士學位學程(108學年度起停招)
1-1-28-10.生物醫學工程學系(學士班)
1-1-28-11.生物醫學工程研究所(碩、博士班)
1-1-28-12.奈米工程及設計碩士學位學程
1-1-29.管理學院
1-1-29-1.醫務管理學系(含學碩士班)
1-1-29-2.工商管理學系(含學碩士班)
1-1-29-3.工業設計學系(含學碩士班)
1-1-29-4.資訊管理學系(含學碩士班)
1-1-29-5.管理研究所(含碩、博士班，碩士班分4組)
1-1-29-6.商管專業學院碩學位學程在職專班
1-1-29-7.管理學院碩士學位學程在職專班
1-1-29-8.經營分析研究中心
1-1-29-9.深耕發展中心
1-1-29-10.智慧醫療創新碩士學位學程
1-1-29-11.國際健康管理學士學位學程
1-1-30.智慧運算學院
1-1-30-1.人工智慧研究所(碩士班)
1-1-30-2.人工智慧學士學位學程
1-1-31.通識教育中心
1-1-31-1.人文藝術學科
1-1-31-2.英文學科
1-1-31-3.社會科學學科
1-1-31-4.自然科學學科
